克莱顿校区占地面积超过100公顷,是蒙纳士大学最大的一个校区。克莱顿是艺术、商业和经济、教育、工程、信息技术、法律、医学、护理、健康科学、理学学院的所在地。克莱顿拥有独立的邮政编码,校园里还有许多餐馆和零售店、学生酒吧Sir John's(位于校园中心)、诺丁山酒店(Notting Hill Hotel)以及6个学生宿舍楼。克莱顿位于墨尔本东南20公里处,是莫纳什大学的原址。它成立于1958年,1961年首次向363名学生开放。这片100公顷的空地最初用于各种目的,包括塔尔博特癫痫病群体,后来被买到大学。在校园的早期,看到了泥土的田野,图书馆就坐落在一个废弃的大众工厂里。
考菲尔德校区是蒙纳士大学的第二大校区,位于墨尔本东南9公里。该校区是艺术、设计与建筑、商科、信息技术、新闻学的主要授课地点。
位于墨尔本远郊弗兰克斯顿海湾郊区,是护理、健康科学、物理治疗、职业治疗、心理学的主要授课地点。同时,自从上世纪60年代维多利亚州立师范学院(State Teachers' College)与蒙纳士大学合并以来,该校区也提供幼儿和小学教育及商业与经济学的课程。
阿尔弗雷德研究联盟汇集了八个独立组织,包括医学研究组织 (MRO)、大学和医疗服务提供商,旨在创建一个卓越的医学和健康研究与教育社区。阿尔弗莱德医院,设有两大学院——中心临床医学院、公共卫生与预防医学学院。该院区毗邻贝克心脏和糖尿病研究所(Baker Heart and Diabetes Institute)、伯内特研究所(Burnet Institute)、澳大利亚国立创伤研究中心(National Trauma Research Institute),是蒙纳士大学主要的医学研究中心。
位于墨尔本中央商务区以北约2公里,是药学和制药科学学院的所在地。该学院主要从事药物配方科学和药物化学领域的科学研究,并提供药学学士学位和药物科学学士学位课程。此外,该校区还提供药学/商学、药物科学/工学双学位以及相关研究生学位课程。
位于墨尔本法律中心区,步行即可到达裁判法院、郡法院和最高法院,提供法学硕士(LLM)和法律博士(JD)课程。
位于墨尔本中央商业区(专为国际贸易学士学位学生设立)